Переходя на упрощённую систему налогообложения, необходимо помнить о возможности потери её использования. Как было сказано выше, если по итогам отчётного (налогового) периода доход налогоплательщика превысит 15 000 000 руб. или остаточная стоимость основных средств и нематериальных активов, определяемая в соответствии с законодательством РФ о бухгалтерском учёте, превысит 100 000 000 руб., то такой налогоплательщик единого налога считается перешедшим на общий режим налогообложения с начала того квартала, в котором было допущено это превышение.

Потеря права использования «упрощёнки» повлечёт за собой ряд дополнительных обязанностей.

Во-первых, ведение бухгалтерского учёта. Напомним, что при применении упрощённой системы налогообложения налогоплательщики освобождены от обязанности ведения бухгалтерского учёта, за исключением учёта основных средств и нематериальных активов. Учёт доходов и расходов они ведут в порядке, установленном главой 26.2 НК РФ (п. 3 ст. 4 закона о бухучёте). Поэтому если предоставляемое право будет утеряно в середине года, то организации придётся восстанавливать бухгалтерию за период использования «упрощёнки».

Во-вторых, организациям необходимо будет произвести расчёт сумм амортизации основных средств за период использования «упрощёнки» по правилам, предусмотренным главой 25 НК РФ, так как объекты при переходе на общий режим налогообложения в налоговом учёте отражаются по остаточной их стоимости на дату перехода на общий режим налогообложения. Помимо этого необходимо определить разницу между расходами на приобретение основных средств, принятыми при исчислении налоговой базы за время использования «упрощёнки» в соответствии с главой 26.2 НК РФ, и начисленной амортизацией в соответствии с главой 25 НК РФ. Данная разница признаётся доходом при переходе на общий режим налогообложения (п. 3 ст. 346.25 НК РФ).

Помимо этого законодателем уточнены некоторые моменты в части доходов и расходов. Так, не включаются в налоговую базу денежные средства, полученные после перехода на общий режим налогообложения, если по правилам налогового учёта указанные суммы были включены в доходы при исчислении налоговой базы при применении упрощённой системы налогообложения. Расходы же, осуществлённые налогоплательщиком в период после перехода на общий режим налогообложения, признаются расходами, вычитаемыми из налоговой базы, на дату их осуществления независимо от даты оплаты таких расходов (п. 2 ст. 346.25 НК РФ).

Суммы налогов, подлежащих уплате при использовании общего режима налогообложения (а таковыми для организаций будут НДС, налог на прибыль, налог на имущество предприятий, ЕСН) исчисляются и уплачиваются в порядке, предусмотренном законодательством РФ о налогах и сборах для вновь созданных организаций или вновь зарегистрированных индивидуальных предпринимателей. При этом налогоплательщики не уплачивают пени и штрафы за несвоевременную уплату ежемесячных платежей в течение того квартала, в котором они перешли на общий режим налогообложения (п. 4 ст. 346.13 НК РФ).