Ныне Пентагон использует модель военных трибуналов, которые действовали после Второй Мировой войны и рассматривали дела военных преступников. Критики утверждают, что этот подход игнорирует серьезные улучшения в области обеспечения прав человека, произошедшие за последние 60 лет.

Последний военный трибунал эпохи Второй Мировой Войны состоялся в 1951 году. В то время военнопленные имели немного прав, и подозреваемые в совершении преступлений не имели права сохранять молчание во время допросов. Солдаты США, дела которых рассматривали военные суды, не имели права апеллировать в Верховный Суд США. В целом, юридические стандарты защиты обвиняемых были намного ниже современных.

Тем не менее, сторонники новой системы военных трибуналов считают, что она значительно улучшена по сравнению с военными трибуналами, которые действовали во время Второй Мировой Войны. Например, в отличие от германских и японских военных преступников, подсудимые не будут обязаны давать показания, и бремя предоставления доказательств их вины находится на прокуроре. Более того, подсудимые террористы не заслуживают всех прав защиты, потому что они игнорировали законы войны.

Нынешняя Администрация США придерживается следующей логики. Существует свод международных норм, обычно называемый "законами и обычаями войны". Эти нормы настаивают на том, чтобы воюющие стороны твердо придерживались определенных правил. Например, солдаты не должны нападать на мирное население, а при подготовке к нападению не должны прятать свое оружие или пытаться выдать себя за мирных жителей. Теракты 11 сентября были актами войны. Они были совершены против беззащитных мирных жителей террористами, притворяющимися гражданскими людьми и скрывшими свое оружие. То есть, эти преступники виновны в совершении военных, а не бытовых преступлений. На протяжении всей своей истории США использовали военные трибуналы для привлечения к судебной ответственности лиц, обвиняемых в совершении подобных преступлений.  Военные трибуналы также необходимы и по практическим соображениям, поскольку невозможно рассчитывать на полноценный сбор доказательств виновности в зоне военного конфликта. Кроме того, террористы представляют угрозу для гражданского населения - соответственно судьи и присяжные заседатели рискуют стать объектом мести со стороны сообщников подсудимых.

Именно из-за этого заключённые Гуантанамо в данный момент считаются не военнопленными, а “враждебными комбатантами”, что позволяет администрации США провозглашать, что законы войны не имеют отношения к этим людям. Президент Джордж Буш\George Bush заявил, что полномочия военного времени дают ему право содержать в заключении лиц, заподозренных в терроризме без предъявления обвинений. Кроме того, президент США имеет право запрещать им доступ в американские суды “до конца войны против терроризма”, то есть, фактически, до бесконечности. 

Любопытно, что Пентагон решил не требовать применения смертной казни в отношении двух граждан Великобритании и одного гражданина Австралии, обвиняемых в терроризме.  Критики политики Буша считают, что это решение является примером предвзятости, поскольку США более мягко относится к гражданам тех государств, которые являются союзниками Соединенных Штатов. Пентагон парирует это обвинение, заявляя, что существует достаточно доказательств того, что эти трое заключенных не заслуживают смертной казни.

Остальные заключённые Гуантанамо названы Администрацией США “худшими из худших” международных террористов. Например, среди них есть изобретатель бомбы, спрятанной в ботинке и бухгалтеры "Аль Каеды".  Представители властей США сообщили, что пленники Гуантанамо рассказали важные вещи о структуре, методах деятельности и планах "Аль Каеды". Но некоторые эксперты считают, что бесконечные допросы могут привести к появлению заведомо  лживых признаний.

Так как заключённые Гуантанамо не являются военнопленными, то они могут быть допрошены сколько угодно раз. Кроме того, их можно допрашивать на любые темы. Для сравнения, военнопленные не обязаны разглашать ничего кроме своего имени, воинского звания и личного номера. Критики Буша считают, что в будущем сами американцы смогут стать заложниками этой системы, поскольку озлобленные террористы и их сторонники, захватившие в плен американских военнослужащих, не будут обращаться с ними как с военнопленными.

В данный момент, в законодательство о военных трибуналах, которые будут судить террористов, еще можно внести небольшие изменения. Например, Пентагон недавно смягчил правила об электронном наблюдении за встречами между заключенными и их гражданскими адвокатами. Теперь Пентагон обещает предупреждать адвокатов, если военные будут подсматривать и подслушивать их беседы с обвиняемыми. Правозащитники считают, что такие правила нарушают правило секретности в отношениях между адвокатом и клиентом - это один из старейших принципов американского судопроизводства.

Адвокаты заключенных Гуантанамо уже пытаются бороться с этой системой. Один из военных адвокатов подал иск в гражданский федеральный суд штата Вашингтон с требованием признать незаконным задержание одного заключенного из Йемена, которому предстоит предстать перед трибуналом, но который еще не был формально обвинён в совершении преступлений. Более того, военные адвокаты собираются требовать доступа к свидетелям, которые находятся в американских тюрьмах, в тех случаях, если есть шанс, что они могут дать показания, способные облегчить участь их клиентов. Впрочем, Закариас Муссауи, гражданин Франции, считающийся 20-м членом группы "Аль Каеды", совершившей теракты 11 сентября 2001 года, уже делал похожие запросы, но пока не достиг успеха.