Преимуществом соглашения об отступном перед товарообменными сделками является то, что налоговые органы не имеют право контролировать правомерность применения в целях налогообложения цен по сделке об отступном. При товарообменных операциях это им позволяет делать подпункт 2 пункта 2 статьи 40 НК РФ.

Однако не стоит забывать подпункте 4 этого же пункта той же статьи 40 НК РФ. При отклонении более чем на 20% в сторону повышения или в сторону понижения от уровня цен, применяемых налогоплательщиком по идентичным (однородным) товарам (работам, услугам) в пределах непродолжительного периода времени налоговые органы вправе проверить правильность применения цен по сделкам и вынести мотивировочное решение о доначислении налога и пени.

Как было сказано выше, объектом налогообложения по НДС признается реализация товаров (работ, услуг), в том числе и передача товаров (результатов выполненных работ, оказание услуг) по соглашению о предоставлении отступного (подп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ).

При этом передача имущества по соглашению об отступном является объектом обложения по НДС даже в том случае, если по первоначальному обязательству объекта обложения по НДС, не возникало.

Поэтому в случае если между сторонами заключен договор займа и в последствии стороны пришли к соглашению об отступном, предусматривающим передачу имущества, реализация которого в соответствии с действующим законодательством облагается НДС, то при его передаче по заключенному соглашению исчисляется НДС.

Если же по соглашению об отступном передается имущество, не облагаемое НДС, то обороты по прекращению первоначального обязательства также не подлежат обложению НДС. Поэтому при передаче организацией ценной бумаги в качестве отступного в целях прекращения обязательств по кредитному договору объекта обложения НДС не возникает.

Передача подакцизных товаров по соглашению о предоставлении отступного является объектом налогообложения по акцизам (подп. 1 п. 1 ст. 182 НК РФ).

Если соглашением об отступном предусматривается передача товаров (работ, услуг) физическим лицам, в том числе индивидуальным предпринимателям за наличный расчет, с использованием расчетных или кредитных банковских карт, то возникает объект налогообложения налогом с продаж.